分子シミュレーション×AIでトランスポータータンパク質の未解明構造を明らかにする〔自然科学研究機構分子科学研究所、岡山大学、総合研究大学院大学〕

自然科学研究機構分子科学研究所と岡山大学、総合研究大学院大学の共同研究成果のプレスリリースです

  

 

 

＜発表のポイント＞

• トランスポータータンパク質は、自身の構造を切り替えることで特定の分子を細胞内外へ輸送する。

• 分子シミュレーションと構造予測AIであるAlphaFold2によって、シュウ酸トランスポーターについて未解明であった内開き構造とその構造変化を促進する重要アミノ酸残基の予測に成功した。

• 分子シミュレーションと構造予測AIを組み合わせた今回のアプローチは、今後様々なトランスポータータンパク質の未解明構造研究への応用が期待できる。

 

 

◆概 要
　自然科学研究機構・分子科学研究所の大貫隼助教、Jaunet-Lahary特任研究員、岡崎圭一准教授と岡山大学学術研究院医歯薬学域（薬）の山下敦子教授の研究グループは、腸内のシュウ酸分解菌がもつトランスポータータンパク質の未解明構造とその重要アミノ酸残基を、分子動力学シミュレーションと構造予測AIのAlphaFold2を用いて明らかにしました。

　本研究成果は、国際学術誌 The Journal of Physical Chemistry Lettersに、2024年1月12日付でオンライン掲載されました。

 

トランスポーターの交互アクセスメカニズム（シュウ酸トランスポーターでは内開き構造は未解明であった）

 

 

◆論文情報
　掲載誌：The Journal of Physical Chemistry Letters
　論文タイトル：“Accelerated Molecular Dynamics and AlphaFold Uncover a Missing Conformational State of Transporter Protein OxlT”
　　　　　　　　（「Accelerated分子動力学法とAlphaFoldによってトランスポータータンパク質OxlTの未解明構造を明らかにする」）
　著　者：Jun Ohnuki, Titouan Jaunet-Lahary, Atsuko Yamashita, and Kei-ichi Okazaki
　掲載日：2024年1月12日（オンライン公開）
　DOI：10.1021/acs.jpclett.3c03052

 

◆研究サポート
　本研究は、日本学術振興会・科学研究費補助金（若手研究JP23K14160，基盤研究（B）JP22H02595）、公益財団法人・長瀬科学技術振興財団の支援を受けて実施しました。

　また、本研究の分子シミュレーションとAlphaFold2による構造予測の一部には、自然科学研究機構岡崎共通研究施設・計算科学研究センターを用いました（課題番号：22-IMS-C189，23-IMS-C201）。

 

 

◆詳しいプレスリリースについて

　分子シミュレーション×AIでトランスポータータンパク質の未解明構造を明らかにする

　https://www.okayama-u.ac.jp/up_load_files/press_r5/press20240126-1.pdf

 

 

 

 

◆本件お問い合わせ先

　分子科学研究所・計算科学研究センター / 総合研究大学院大学 准教授

　岡崎　圭一（おかざき　けいいち）
　TEL：0564-55-7468

　岡山大学 学術研究院 医歯薬学域（薬） 教授

　山下　敦子（やました　あつこ）
　TEL：086-251-7974

＜報道担当＞
　自然科学研究機構・分子科学研究所 研究力強化戦略室 広報担当
　TEL：0564-55-7209

　FAX：0564-55-7340

　国立大学法人岡山大学 総務・企画部 広報課
　TEL：086-251-7292

　FAX：086-251-7294

　総合研究大学院大学 総合企画課 広報社会連携係
　TEL：046-858-1629　

 

＜岡山大学の産学官連携などに関するお問い合わせ先＞
　岡山大学研究推進機構 産学官連携本部
　〒700-8530 岡山県岡山市北区津島中1-1-1　岡山大学津島キャンパス 本部棟1階
　TEL：086-251-8463
　E-mail：sangaku◎okayama-u.ac.jp
　　　　　※ ◎を@に置き換えて下さい
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  https://prtimes.jp/main/html/rd/p/000001935.000072793.html

 

https://prtimes.jp/main/html/rd/p/000001973.000072793.html